Pendant ce temps Misato s'introduit dans MAGI pour chercher la vrai raison du Second Impact. Ce que Misato trouve est très surprenant. Elle est tombée sur ce qu'il semblerait bien être la vérité. La vraie nature du plan de complémentarité de l'Homme.

"Plan de complémentarité de l'Homme" : L'être humain qui a atteint un stade d'évolution sans avenir... Maintenant il faut passer à l'étape suivante, c'est-à-dire initialiser artificiellement l'évolution de l'homme pour le mener à une existence unique et parfaite.
La seule façon d'y parvenir est d'initialiser un Third Impact. Ils veulent initialiser la fin du Monde mais cette fois-ci non pas en utilisant les Anges mais les EVA.
Misato informe de suite Makoto et Shigeru puis elle continue allant de révélations en révélations : "En tant que simples humains nous sommes comme Adam ; nés de la source de vie Lilith... Nous sommes le dix-huitième Ange !".

L'Homme est le dix-huitième Ange sur l'Arbre de la Vie avec comme racines Lilith. Mais maintenant l'Arbre de la Vie, la Réalité et les Dimensions qui nous séparent des autres branches sont en train de tomber en morceaux.
Dans cette scène on apprend également que le Second Impact a été causé par le fait de réduire Adam à l'état d'embryon afin de réduire les dommages qu'il aurait pu produire quand les Anges seraient arrivés (comme c'était prédit et écrit dans les Manuscrits de la mer Morte).
Maintenant que tous les Anges sont détruits, l'organisation Seele décide de pénétrer et d'implanter un virus informatique dans le Magi System de la Nerv via les autres systèmes informatiques similaires du monde. Leur but est clair dorénavant, il faut s'emparer de la Nerv et de relever le commandant en chef Gendô Ikari de ses fonctions. Le virus remplit parfaitement son rôle et infecte presque entièrement le Magi System (menaçant d'une auto-destruction - cf épisode 13).

Gendô n'ayant pas l'intention de se laisser faire aussi facilement demande la libération immédiate de Ritsuko afin de récupérer MAGI. Elle connaît si bien ce système qu'elle a vite fait de nettoyer le virus. Après cet acte de rébellion, la Seele est déterminée à punir l'acte de Gendô en utilisant des moyens plus... radicaux :-)

Maintenant que Gendô a trahi la Seele, la Nerv n'a plus d'utilité. La Seele décide de créer un comité spécial A-801 pour approuver une production massive d'EVA (du Ø5 au 13) et pour convaincre le gouvernement Japonais d'envoyer des forces spéciales afin de détruire les équipements de la Nerv ainsi que tout le personnel en vue.
Les arguments sont simples, ils expliquent tout simplement que la Nerv a les moyens de provoquer le Third Impact qui pourrait réduire à néant toute l'espèce humaine.

A partir de ce moment la boucherie peut commencer ; il n'y aura pas de pitié et toutes les personnes, qu'elles soient hommes femmes ou enfants, seront abattues. Pas de prisonnier...
Sans connaître la vraie intention de la Seele, le gouvernement Japonais et les autres nations approuvent l'attaque...

Le but principal de cette manœuvre est de trouver les Children et de les tuer. Ensuite il faut récupérer Adam, Lilith, l'EVA-Ø1 et l'EVA-Ø2 à la Nerv. La Seele veut que l'EVA-Ø1 provoque le Third Impact, car c'est ce dernier qui va permettre aux humains de passer à l'étape supérieure de l'évolution...

Plus tard Keel Lorenz (leader de la Seele) dit aux autres membres que sans la lance de Longin ils ne pourront pas mettre leur plan à exécution ; celui qui consiste à utiliser Lilith. La seule option réside dans le fait d'utiliser le fils de Lilith et de rétrograder l'EVA-Ø1.
La Nerv se fait attaquer par surprise comme prévu ; ils n'ont pas le temps de réaliser que la guerre n'est pas encore terminée.
Les soldats sortent des tous les côtés et se plient parfaitement aux ordres en tirant sur tout ce qui bouge... Un vrai carnage. Maintenant que tous les périmètres de sécurité de la Nerv sont tombés entre les mains des forces spéciales de l'armée Japonaise, ils réalisent que le dernier et plus vicieux des ennemis n'est pas un Ange mais l'Homme (l'homme est un loup pour l'homme).

 Tous les postes de garde tombent les uns après les autres et la Nerv se retrouve rapidement au cœur d'une bataille sans aide extérieure avec un Shinji introuvable, une Asuka toujours en état de choc et l'EVA-ØØ qui n'existe plus (donc Rei ne sert plus à grand chose). En clair la Nerv est sans défense et va devoir faire face avec les moyens du bord.

Alors une théorie intéressante circule :
D'après ce que l'on sait, Yui Ikari était la première à pouvoir synchroniser avec les EVA (d'ailleurs elle est morte en atteignant le seuil de 400% de synchronisation comme Shinji dans l'épisode 19). Shinji étant le fils de la première pilote, il est normal qu'il soit le premier enfant (First Children) de cette dernière.

Deuxièmement : le First Children est Rei, c'est-à-dire un clone de Yui. On peut en déduire que Shinji a des gènes en communs avec la First Children officielle ce qui peut induire en erreur le MAGI System.
Et enfin, à sa mort Rei prononce : "Ikari kun to isshoni naritai ?", peut-être a-t-elle été exaucée et la Rei que nous aimons vit encore en Shinji ?

Quelques secondes après le départ de Misato, les forces spéciales pénétrent le poste de commandes central et échangent des coups de feu avec le second balcon. Shigeru part aussitôt chercher des armes et tente d'en donner une à Maya. Mais celle-ci refuse et va se réfugier sous son pupitre de commande incapable de supporter le bruit des rafales de tirs entre ses camarades et les soldats.

Misato aperçoit Shinji. Trois soldats sont déja là et viennent de l'identifier. Un des soldats lui dit : "Désolé, mais je dois te tuer, n'y voit là rien de personnel, je fais juste mon tra..." Les trois soldats se font littéralement descendre par Misato. Elle prend ensuite le soin de tirer une autre balle dans la tête d'un soldat qui était encore vivant (en lui glissant un mot doux à l'oreille).

Shinji reste de marbre.

Misato lui dit qu'elle le cherchait. L'enfant lui répond avec une petite voix "je veux mourir...". Aussitôt Misato l'empoigne et le traîne avec elle jusqu'à un endroit plus sûr.
Elle arrive sur le parking près du Terminal Dogma non-loin du hangars de l'EVA-Ø1. Misato est très agacée par ce Shinji qui n'arrête pas de pleurer. Elle tente de le motiver un peu par des paroles violentes mais réalistes : "Ecoute moi bien TOI ! Tu es encore en vie non ? Essaie de combattre et de vivre plutôt que de mourir".

La scène suivante nous permet de découvrir combien le troisième clone de Rei est différent... Elle a en effet détruit les lunettes de Gendô que Rei 2 aimait tant. Cette dernière fait face à son ex-cuve de LCL (qui contient toujours les cadavres décomposés de ses soeurs - cf épisode 23). Gendô la rejoint. Une fois à ses côté il lui dit "c'est l'heure de la promesse... Allons-y".

Peu de temps avant cette scène, le Professeur Fuyutsuki avait dit à Gendô avant qu'il ne parte "faites mes amitiés à Yui". Troublant certes, mais révélateur pour la suite...

Yui est la mère de Shinji. C'est elle qui a présenté Gendô à la Seele et c'est ses recherches de Bio-métaphysiques qui ont fait que le Projet EVA a pu naître. Avant de mourir en l'an 2004 lors d'un test avec une EVA, elle dira "la Seele possède les Manuscrits de la Mer Morte. Si nous suivons leur scénario, dans quelques années l'Impact qui devrait détruire l'humanité arrivera" (cf épisode 21).

La Seele croit en effet qu'il est nécessaire de provoquer le Third impact pour faire en sorte que les humains parviennent à un niveau supérieur de l'existence mais Yui affirme plutôt que "rien ne peut être tiré de la mort".

Avant de sortir pour chercher Shinji, Misato avait demandé à ce que Asuka soit placée à l'intérieur de son EVA car c'est l'endroit le plus sûr pour elle. Aussitôt dit, aussitôt fait. L'humain de synthèse est lancé sans se soucier du fait qu'elle arrive à le piloter ou non. L'EVA-Ø2 est en-dessous du lac du Geofront quand les troupes des l'armée commencent à l'attaquer.

Le Second Children toujours inconscient à l'intérieur de son Entry Plug commence un combat avec son cœur : "Qui voudrait d'une personne comme moi ?.. Qui voudrait me regarder ?..". Un combat sur son passé, sur le suicide de sa mère, sur la négligence de son paternel, sur son souhait de grandir vite sans l'aide des autres... Un combat pour la vie. L'impact des explosions secouent fortement Asuka à l'intérieur de son Entry Plug.

A force de détermination et de lutte, elle commence à sortir lentement de son coma et au plus profond de son cœur elle dit "tu étais donc là maman... La mort, la mort, la mort... Je déteste la moooooort !". Et en un instant les yeux de l'EVA-Ø2 s'illuminent... Asuka est à nouveau opérationnelle.

La renaissance d'Asuka !

Dès qu'Asuka est informée de ce qu'il se passe, elle affiche une énorme envie de vivre et de combattre pour elle et son ego. C'est avec la protection et la complicité de son EVA-Ø2 qu'elle dit "Venez voir bande de bâtards ; laissez-moi vous montrer ce que sait faire mon EVA".

La Seele commence à combattre l'EVA à la roquette et à l'arme conventionnelle mais rien n'y fait. Ils décident donc de couper sa source d'énergie en détruisant la connexion électrique.
Une fois effectué ils recommencent à lui tirer dessus. Mais hélas pour eux, l'EVA-Ø2 détruit tout ; avions, porte-avions, hélicoptères, chars, bref tous ceux qui sont dans les parages n'en réchappent pas ! Il est évident que les armes conventionnelles ne font pas jeu égal devant un AT.Field...
Aussi, la Seele décide-t-elle d'envoyer les nouvelles EVA afin d'achever un acte et d'en commencer un autre. Quelque chose plane au-dessus de l'EVA-Ø2 et lâche 9 oiseaux de malheur...

Ainsi des EVA vont devoir tuer une autre EVA... Celles-ci sont d'une nouvelle génération (les pilotes ne sont que des Dummy Plug de Kaworu), elles possèdent des ailes et ont vraiment un air pas sympa. Cette nouvelle génération d'EVA est une série S2, c'est à dire qu'elles n'ont pas besoin d'une source d'énergie électrique (tout comme les Anges), et leur arme principale est une Lance à simple tranchant.

Ce sont les EVA-Ø5 à EVA-13 et elles sont toutes identiques. Elles ont toutes été produites par les nations du G-7 plus la Chine et la Russie.
Asuka doit défendre la Nerv mais il lui reste que très peu de temps d'énergie interne et les 9 EVA arrivent en tournoyant au-dessus d'elle telles des vautours.
Il va falloir jouer serré, Asuka...