Shinji est à terre immobile quand tout-à-coup il aperçoit une ombre. C'est Rei l'autre pilote, la First. La seule et unique phrase qu'elle lui adressera c'est de rentrer à la base avant elle car il y a un état d'urgence annoncé.

En effet il y a de quoi : le quatrième Ange arrive déjà (alors que le troisième avait mis 15 ans avant d'apparaître).
Alors que toute la population est invitée à se rendre sous terre dans les Geo-Shelter (bunkers aménagés en cas d'attaque), Tôji et Aida Kensuke (son meilleur pote) se rendent sur place pour filmer le combat mettant gravement en péril leurs vies.
Alors que Shinji mène le combat non loin d'eux, l'Ange l'envoie droit sur les deux jeunes hommes. Le pilote doit prendre des mesures pour sauver sa vie et pour également sauver celle des ses deux "camarades".

Aussi sec, Misato décide de faire entrer les deux acolytes à l'intérieur de l'EVA puis ensuite de la faire rentrer à la NERV.

Kensuke et Tôji sont bel et bien à l'intérieur de l'EVA ; cependant Shinji décide de ne pas fuir et de lutter malgré le fait qu'il ne lui reste plus que quelques secondes d'auto-nômie (suite à la rupture du cordon au début du combat).

Allant contre les ordres, il attaque avec son Progressive Knife (sorte de grand couteau) et c'est non sans souffrir qu'il parviendra à vaincre l'Ange en lui brisant son Core (Noyau / Source d'alimentation des Anges).