LE PROJET EVA INITIAL 

Dès le départ, Eva était prévue comme une série de robots de 26 épisodes. Mais pas une série de robots comme les autres: ici, ce ne sont pas des enfants héroïques qui pilotent: cette tâche est confiée à un "simple enfant de 14 ans", dont la faiblesse contraste avec la formidable puissance de l'arme qu'on lui met entre les mains. Ainsi le "héros" de l'histoire est plus un "anti-héros". Il se doit de réfléchir, oscillant entre le monde des enfants et celui des adultes, et est condamné à affronter la réalité, à vivre selon sa "propre volonté".

Les Anges

Premières différences notables dans la trame de l'histoire: les Anges sont ici des "reliques de l'Antiquité, sommeillant aux quatre coins du globe. Ils datent de l'époque de la première race fondatrice" (c.à d. de la préhistoire) et sont au nombre de 28 (au lieu de 17 dans la version finale).
Adam aurait été découvert le long des côtes de la Mer Morte: ici, ce n'est pas encore le Second Impact que l'on connaît. En l'an 2000 se produit "l'évaporation de la Mer Morte": l'Eva est une réplique de l'Ange Adam trouvé suite à ce cataclysme tenu secret.

On notera deux Anges qui ont beaucoup changé entre les deux versions: Ramiel attaque désormais depuis le ciel. Son corps est immense, et il utilise un fusil à positrons multidirectionnel. Sahaquiel possède un corps extensible qui renvoie les attaques de ses adversaires. Il utilise un couteau et des rayons laser, lance-missiles, armes et autres équipements divers...

Les Evas

Les Evas ne semblent pas encore posséder de caractères à proprement dit organiques: ce sont des mechas tout juste faits de muscles synthétiques et d'os. Initialement, leur corps devait être conservé dans de l'eau (au lieu du LCL actuel). Le choix du pilote, établi par le rapport Marduk, se porte sur les adolescents de 14 ans n'ayant pas de mère: ce seraient eux les individus possédant le plus grand potentiel de connection et de stabilité par rapport à l'Eva. Quant aux personnages, il n'y a aucune différence notable entre les versions initiales et les versions finales.

Le scénario

On remarquera par contre un certain nombre de changements au niveau du scénario et de l'agencement des épisodes, qui vont d'ailleurs en s'amplifiant au fur et à mesure des épisodes, pour aboutir à une fin qui ne ressemble plus en rien à celle que nous connaissons!

L'épisode 1 met en scène, en dehors de l'arrivée de Shinji, le combat entre l'Eva-00 (dans le manga, c'est l'Eva-01) de Rei et l'Ange de lumière Rajiel. Ce combat a été abandonné dans la version finale: à l'arrivée de Shinji, c'est l'armée des Nations Unies qui combat Sachiel, et face à son impuissance, Shinji prendra le relais avec l'Eva-01.
Dans l'épisode 4 il était prévu de fêter l'anniversaire de Shinji, que son père ignorerait totalement. Au lieu de cela, fugue et fuite de la NERV.
La coupure d'électricité de l'épisode 13 est avancée à l'ép.10, tandis que Magmadiver recule d'une case (ép.11).
Les épisodes 13 et 14 du projet rappellent les ép.16 et 20 de la série finale: Shinji est devenu orgueilleux; il est enfermé dans l'Eva et doit être sauvé. Dans l'ép.15, il décide de reprendre tout de même les commandes de l'Eva (cf ép.19). Ensuite, ça n'a plus grand chose à voir...

Dans l'ép.16, Shinji est à nouveau capturé par un Ange, avec lequel il entre en contact. On dévoile les intentions des Anges. Dans l'ép.17, Asuka est de sortie (cf ép.15 final), tandis que Misato raconte ses souvenirs. Le combat avec l'Eva-03 intervient toujours dans l'épisode 18. Dans le suivant, c'est Asuka qui est blessée. L'Eva effectue son premier combat dans les airs! Kaji meurt dans cet épisode.
L'épisode 20 voit l'arrivée de l'Eva-05 et le récit des évènements antérieurs à 2015 (évaporation de le Mer Morte, etc...). Dans l'épisode 21, Shinji est victime d'une attaque psychique lors d'un combat sous-marin. L'histoire de sa mère est ici raconté. Kaworu apparaît dès l'ép.22. Il possède un chat.

Dans l'épisode 23, les secrets du Plan de Complémentarité de l'Homme et des Evas sont révélés, de même que les intentions de Gendô et de Ritsuko. L'ép.24 voit la fin de Rei et la disparition de l'Amérique. Des Anges surpuissants débarquent de la Lune. L'Humanité est en péril.
L'ép.25 dévoile la relique d' "Aruka", protégée dans le laboratoire de recherches, qui doit jouer un rôle prépondérant dans le déroulement des évènements. Le Plan de Complémentarité de l'Homme est annulé par le Comité pour combattre les 12 Anges restant, mais Gendô s'y oppose. Dans le dernier épisode, tous les mystères sont finalement dévoilés et les drames prennent fin.

Conclusion 

A côté des petits détails, on constate donc des modifications radicales dans la trame scénaristique. Il est bien évident que la plus importante concerne les derniers épisodes, qui au lieu de raconter la fin que tout le monde attend, qui semblait être prévue dans le projet initial et qui aurait fait d'Eva une série de robots certes excellente, mais "comme les autres", en ont fait une série extrêmement controversée mais ayant atteint le statut de série culte. Il est fort probable qu'Anno se soit rendu compte que ce qu'il faisait était trop commun à son goût, et que cela ne lui permettait pas de faire passer toutes les idées qui germaient en lui, et qu'il a donc voulu se démarquer. La modification de la fin est également une conséquence des différentes réactions des spectateurs au fur et à mesure de la diffusion de la série (qui s'étale sur 6 mois...).

Les motivations sont donc toujours les mêmes: renouveler, d'une part, "l'image des séries de robot", en les mettant en scène dans un décor naturel et urbain traditionnel, et d'autre part faire en sorte que les spectateurs découvrent avec la série ce que sont les relations humaines et certaines émotions. Seule la forme a changé!